L'origine del nome dell'abitato potrebbe risalire al termine latino scopulus, che significa rupe o da scopulae, che significa spalle o declivio del monte.
Preziosa fonte documentaria di riferimento per conoscere le vicissitudini storiche del paese è il "Chronicon Vulturnense".
Nel testo si afferma che prima del Settecento il sito dell'odierna Scapoli era coperto da una ricca vegetazione. Solo a partire dalla metà del IX secolo nacque l'insediamento del Castrum Scappili, mediante la colonizzazione delle terre che appartenevano all'antica abbazia di San Vincenzo al Volturno.
Indicazioni più precise vengono da un documento contenuto nel Chronicon, datato 983; in esso si legge che l'abate Giovanni "homines conduxit et habitare fecit in Castro Scappili".
Nel 1382 tra i vari "castra" venduti a Camillo Pandone, per restaurare il monastero di San Vincenzo al Volturno, figura anche quello di Scapoli.
Fece parte della Terra di Lavoro e successivamente entrò il 17 febbraio 1861 nel territorio di Campobasso, mentre dal 1970 è in provincia di Isernia.
A Scapoli, nella primavera del 1944, fu costituito il Corpo Italiano di Liberazione che operò nella zona di Monte Marrone e segnò l'avvio della Resistenza, ponendo le basi per la rinascita dell'Esercito Italiano.